多肽一般长期保存需要避光保存，并应保存在-20度以下，短期可以保存在4℃。可以短时间以室温运输。多肽在-20℃很稳定，特别是冷冻干燥并保存在干燥器中时，在将它们暴露于空气之前， 冷冻干燥多肽可以放于室温自然升温，这将使湿度影响减少，当无法冷冻干燥时，最好的方法是以小的工作样量存放。 
        对于含Cys, Met or Trp的多肽，脱氧缓冲剂对其溶解必不可少，因为这种多肽容易空气氧化， 在封瓶前，氮气或氩气保护会降低氧化作用。含Gln或Asn的多肽比较容易降解，所有这些肽与不含这些有问题的简单肽相比，保存期要短。